Các Phó ban Ban điều phối là lãnh đạo các Tổng cục thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn: Tổng cục Lâm nghiệp (Phó Trưởng ban thường trực), Tổng cục Thủy lợi và Tổng cục Quản lý đất đai (Bộ Tài nguyên và Môi trường).
Các Ủy viên Ban điều phối là đại diện các Tổng cục, Cục/Vụ thuộc các Bộ: Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính, Ngoại giao, Khoa học và Công nghệ, Tài nguyên và Môi trường và Văn phòng Chính phủ.
Ban Điều phối có nhiệm vụ giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có liên quan trong việc thực hiện Công ước chống sa mạc hóa của Liên hợp quốc.
Bên cạnh đó, chỉ đạo việc thực hiện và rà soát, đề nghị điều chỉnh Chương trình hành động quốc gia chống sa mạc hóa, phối hợp xây dựng Chương trình hành động khu vực Châu Á - Thái Bình Dương và Chương trình hành động tiểu khu vực Đông Nam Á, đảm bảo phù hợp với các chiến lược, chính sách của Công ước trong từng giai đoạn, trước mắt là Chiến lược 10 năm 2010 - 2020 của Công ước, phù hợp với bối cảnh ứng phó biến đổi khí hậu toàn cầu và yêu cầu mới của Liên hợp quốc về tăng trưởng xanh và phát triển bền vững.
Đồng thời, kiểm tra, đánh giá các chương trình, dự án chống thoái hóa đất, giảm nhẹ thiên tai, hạn  hán, quản lý và phát triển bền vững tài nguyên, đất, nước và rừng gắn với việc chủ động tích cực ứng phó với biến đổi khí hậu, xóa đói, giảm nghèo ở vùng bị ảnh hưởng hoặc có nguy cơ bị ảnh hưởng bởi sa mạc hóa; xúc tiến việc thiết lập hệ thống cảnh báo sớm ở các vùng nhạy cảm, xây dựng và quản lý hiệu quả hệ thống cơ sở dữ liệu về sa mạc hóa...
Ban Điều phối có trụ sở và bộ phận giúp việc đặt tại Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Các thành viên và bộ phận giúp việc của Ban Điều phối làm việc theo chế độ kiêm nhiệm.